分子模拟软件介绍 一、NAMD NAMD（NAnoscale Molecular Dynamics）是用于在大规模并行计算机上快速模拟大分子体系的并行分子动力学代码。NAMD 用经验力场，如 Amber，CHARMM 和 Dreiding，通过数值求解运动方程计算原子轨迹。[1] 1. 软件所能模拟的体系的尺度，如微观，介观或跨尺度等 微观。 是众多 md 软件中并行处理最好的，可以支持几千个 cpu 运算。在单机上速度也很快。 模拟体系常为为 10,000-1,000,000 个原子。 2. 软件所属的类型，如 MD，DPD，DFT，MC，量化，或交叉等 全原子md，有文献上也用它做过 cgmd。 3. 软件能研究的相关领域，使用者的背景最好是？ 使用的力场有 charmm,x-plor,amber 等，适合模拟蛋白质，核酸，细胞膜等体系。 也可进行团簇和 CNT 系统的模拟 软件原理经典，操作简单。但需要对体系的性质足够了解。 4. 软件中主要涉及的理论方法范畴 经典的 md，以及用多种方法计算自由能和 SMD 模拟。 数据分析时候一般很少涉及复杂的热力学和统计热力学的原理，但知道一些最好。 5.软件主要包含的处理工具 namd 是计算部分，本身不能建模和数据分析（unix 的哲学 kiss）。但 vmd 同 namd 系出同门，已同 namd 实现无逢链接。 vmd 的 tcl 脚本一定要搞懂，别的就不多介绍了。[2] 6.与此软件密切相关的软件 vmd，及其他数据统计分析软件（excel，OOo-calc 等足够了） NAMD 在 window 环境下的编译安装 1.下载 NAMD_2.7b2_Win32 2.解压到任意目录下（建议最好直接是 C：或 D：下） 3.添加 windows 的环境变量：右键单击我的电脑----属性-----高级-----环境变量(在右下角)-----在系统的 Path 变量里添加你 NAMD 所在文件夹，比如我的%SystemRoot%\system32;%SystemRoot%;%SystemRoot%\System32\Wbem;C:\ProgramFiles\CommonFiles\ThunderNetwork\KanKan\Codecs; C:\NAMD_2.7b2_Win32 注意：添加的变量名称要和文件夹得名称一致（如果文件夹得名称你改为 namd，那么变量名称为 C：NAMD） 4.namd2.7 需要后面跟 conf 文件才可以正确运行，并且要在 conf文件所在目录执行命令。如：我的命令窗口显示C:\Documents and Settings\HP> 因此我的 conf 文件要放在 C:\Documents and Settings\HP 这个文件夹下，然后执行命令C:\Documents and Settings\HP> C:\NAMD_2.7b2_Win32\namd2 da.conf 即可。 二、GROMACS GROMACS 是用于研...
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