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二代测序(NGS)实验方案和应用VIP专享VIP免费

二代测序(NGS)实验方案和应用_第1页
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这里为您介绍二代测序的相关流程和应用。 随着人类基因组工程的完成,对于低花费的测序技术的需求促进了高通量二代测序技术的发展。这些新的测序平台允许进行高通量测序,具有广泛的应用: • 全基因组从头测序或者重测序 • 目标序列重测序 • 转录组分析 • 微生物组研究 • 基因调控研究 NGS 序列 二代测序仪器有很多种组合,在通量、片段长度、准确度、每一轮测序成本、每百万碱基对测序成本、初始成本、规格和技术方面存在存在差异。 从规格和初始成本的角度而言,二代测序仪器可轻松地分类为更窄的范围,也就是所谓的“台式测序仪”和高通量仪器。 台式测序仪使得任何实验室都可以像使用real-time PCR 一样,自己进行测序。这些仪器可以和一些靶标序列富集技术相结合,用在一些临床的应用中,其中:选定的靶标基因用于深度分析,以检测稀有的突变,或者检测多样样本中(比如癌症样本)中的突变。目前,这些仪器的通量在10 Mb 到 7.5 Gb 之间,但是随着硬件,软件和试剂的持续改善,通量也在稳步增加。 高通量测序仪非常适合于大量的,基因组范围的研究,每次测序能测定 600 Gb 的序列。一些这样的高通量和高精度的平台,能测定的片段长度相对较短,这对于高重复性的序列和未知基因组的从头测序就可能成为问题。与此相反,也有一些仪器能测序的片段较长(达到2500 bp),但是其精度和测序能力(90 Mb)要低很多。还有一些测序能力位于两者之间的仪器(~ 800 bp,700 Mb)。 因此,应用决定了哪一种仪器是最合适的。 有一种新的方法被称作“纳米孔测序”。这种技术中,根据一个 DNA 链通过一个合成的或者蛋白纳米孔道所引起的电流的改变,可以确定通过这个孔道的碱基。这理论上可以仅用一步就测序一个完整的染色体,而不需要生成新的DNA 链。 DNA 测序 二代DNA 测序的工作流程如下: • DNA 样本制备 • 文库构建和验证 • 文库分子大规模平行克隆扩增 • 测序 二代测序DNA 样本的质量控制 首先,评价基因组DNA 的质量是非常必要的(完整性和纯度)。 凝胶电泳法 基因组DNA 的完整性和大小,可以用常规或者脉冲场琼脂糖凝胶电泳(PFGE)来检测。常规的凝胶电泳的精确度不高,这是因为大的DNA分子在凝胶中移动的时候,本质上是用一种与尺寸无关的方式一起移动的。但是,它仍然能够提供完整性(大小范围)和纯度(RNA 污染物在凝胶底部形成脱尾条带)方面的有效信息。因此,它仍然是评...

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