第十三章 微生物物种的多样性 生物多样性包括遗传多样性、物种多样性和生态系统多样性等。它们是由进化而形成的，不仅直接为人类提供了食品、药物、纺织品、燃料、材料等，而且还通过参与物质循环来维持地球上生命所必需的生存环境。因此，保护生物的多样性，就是保护人类自己。微生物多样性是生物多样性的重要组成部分，而且有其独特之处，起着不可替代的作用。 前几章已对微生物遗传多样性、生态系统多样性等作了阐述。本章将阐明其物种的多样性，简要的介绍原核微生物(真细菌、古生菌)和真核微生物(真菌、粘菌、单细胞藻类、原生动物)的多样性。 第一节 真细菌的多样性 一、 真细菌系统发育总观 对细菌的系统发育以往的概念是根据类群的表型特征(主要是形态特征和生理生化特征及少量的遗传特征)来判断它们的系统发育和进化途径。而通过细菌 16s rRNA的序列分析已经揭示出，不同细菌本身保守的16SrRNA寡核苷酸序列才是识别系统发育的标记。据此，细菌的系统发育包括12个独特的类群(图 13-1)。 图 13-1 细菌的系统发育树 类群 1. 紫色光合细菌及其有关细菌： 目前将类群 1称为变形细菌(Proteobacterium)。是细菌中包括的属最多而且在生理特性上最具有多样性，由 α 、β 、γ 、δ 、和 ε 5个亚门组成。其中能进行光合作用的紫色细菌包括在 α 、β和 γ 3个亚门中，但一些有机化能营养的属，如：埃希氏菌属、假单胞菌属、醋单胞菌属和一些无机化能营养的属，如：硝化杆菌属、亚硝化单胞菌属、贝日阿托氏菌属等也包括在这 3个亚门中。δ 和 ε 2个亚门只包括非光合作用的细菌 。 尽管所有的肠道细菌、大多数的假单胞菌、自生和共生固氮细菌以及大多数化能无机营养细菌在形态、生理和生态分布的表型上与紫色细菌有明显的区别，但是，在系统发育上却都与紫色细菌有关。由紫色细菌谱系可以引申出各种各样在生理特性和生态分布上有差异的重要细菌。16s rRNA序列分析的结果指明，AAAUUGG序列用以鉴别 α 亚门的紫色细菌；CYUUACACAUG(Y表示任意一个嘧啶)是 β 亚门的序列特征；ACUAAAACUCAAAG序列存在于大多数 δ 亚门紫色细菌的16SrRNA中。目前尚未发现 γ 和 ε 亚门的特殊特征。 类群 2.绿硫细菌： 由于绿硫细菌具有独特的光合色素(菌绿素 c或 d)、绿色体(chlorosome)以及其自养代谢，所以绿硫细菌与其它细菌之间缺乏密切的系统发育关系。绿菌属的所有种均不运动，只有绿色细菌类群中的绿滑菌...
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