酶切位点保护碱基表6酶寡核苷酸序列切割率%2hr20hrPvuICCGATCGGATCGATCGATTCGCGATCGCGA010002510SacICGAGCTCG1010SacIIGCCGCGGCTCCCCGCGGGGA0500>90SalIGTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGCGCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGGACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA0101005075ScaIGAGTACTCAAAAGTACTTTT10752575SmaICCCGGGCCCCGGGGCCCCCGGGGGTCCCCCGGGGGA0010>90101050>90SpeIGACTAGTCGGACTAGTCCCGGACTAGTCCGCTAGACTAGTCTAG101000>90>905050酶切位点保护碱基表2关键词：酶切位点保护碱基表2酶寡核苷酸序列切割率%2hr20hrNotITTGCGGCCGCAAATTTGCGGCCGCTTTAAAATATGCGGCCGCTATAAAATAAGAATGCGGCCGCTAAACTATAAGGAAAAAAGCGGCCGCAAAAGGAAAA0101025250101090>90NsiITGCATGCATGCACCAATGCATTGGTTCTGCAGTT10>90>90>90PacITTAATTAAGTTAATTAACCCTTAATTAAGG000025>90PmeIGTTTAAACGGTTTAAACCGGGTTTAAACCCAGCTTTGTTTAAACGGCGCGCCGG0007502550>90PstIGCTGCAGCTGCACTGCAGTGCAAACTGCAGAACCAATGCATTGGAAAACTGCAGCCAATGCATTGGAACTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT010>90>900010>90>900PvuICCGATCGGATCGATCGATTCGCGATCGCGA010002510SacICGAGCTCG1010SacIIGCCGCGGCTCCCCGCGGGGA0500>90SalIGTCGACGTCAAAAGGCCATAGCGGCCGCGCGTCGACGTCTTGGCCATAGCGGCCGCGGACGCGTCGACGTCGGCCATAGCGGCCGCGGAA0101005075ScaIGAGTACTCAAAAGTACTTTT10752575SmaICCCGGGCCCCGGGGCCCCCGGGGGTCCCCCGGGGGA0010>90101050>90SpeIGACTAGTCGGACTAGTCCCGGACTAGTCCGCTAGACTAGTCTAG101000>90>905050SphIGGCATGCCCATGCATGCATGACATGCATGCATGT001002550StuIAAGGCCTTGAAGGCCTTCAAAAGGCCTTTT>90>90>90>90>90>90XbaICTCTAGAGGCTCTAGAGCTGCTCTAGAGCACTAGTCTAGACTAG0>9075750>90>90>90XhoICCTCGAGGCCCTCGAGGGCCGCTCGAGCGG0101002575XmaICCCCGGGGCCCCCGGGGGCCCCCCGGGGGGTCCCCCCGGGGGGA02550>90075>90>90酶寡核苷酸序列切割率%2hr20hrAccIGGTCGACCCGGTCGACCGCCGGTCGACCGG000000AflIIICACATGTGCCACATGTGGCCCACATGTGGG0>90>900>90>90AscIGGCGCGCCAGGCGCGCCTTTGGCGCGCCAA>90>90>90>90>90>90AvaICCCCGGGGCCCCCGGGGGTCCCCCGGGGGA50>90>90>90>90>90BamHICGGATCCGCGGGATCCCGCGCGGATCCGCG10>90>9025>90>90BglIICAGATCTGGAAGATCTTCGGAAGATCTTCC075250>90>90BssHIIGGCGCGCCAGGCGCGCCTTTGGCGCGCCAA005000>90BstEIIGGGT(A/T)ACCC010BstXIAACTGCAGAACCAATGCATTGGAAAACTGCAGCCAATGCATTGGAACTGCAGAACCAATGCATTGGATGCAT02525050>90ClaICATCGATGGATCGATCCCATCGATGGCCCATCGATGGG00>905000>9050EcoRIGGAATTCCCGGAATTCCGCCGGAATTCCGG>90>90>90>90>90>90HaeIIIGGGGCCCCAGCGGCCGCTTTGCGGCCGCAA>90>90>90>90>90>90HindIIICAAGCTTGCCAAGCTTGG0000CCCAAGCTTGGG1075KpnIGGGTACCCGGGGTACCCCCGGGGTACCCCG0>90>900>90>90MluIGACGCGTCCGACGCGTCG025050NcoICCCATGGGCATGCCATGGCATG050075PCR引物设计原则信息来源：本站原创更新时间：2004-12-210:44:00PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。因此，引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构，就要避开它。如这一段不能形成二级结构，那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基，扩增片段长度为100~600碱基对。让我们先看看P1引物。一般引物序列中G+C含量一般为40%~60%。而且四种碱基的分布最好随机。不要有聚嘌呤或聚嘧啶存在。否则P1引物设计的就不合理。应重新寻找区域设计引物。同时引物之间也不能有互补性，一般一对引物间不应多于4个连续碱基的互补。引物确定以后，可以对引物进行必要的修饰，例如可以在引物的5′端加酶切位点序列；标记生物素、荧光素、地高辛等，这对扩增的特异性影响不大。但3′端绝对不能进行任何修饰，因为引物的延伸是从3′端开始的。这里还需提醒的是3′端不要终止于密码子的第3位，因为密码子第3位易发生简并，会影响扩增的特异性与效率。综上所述我们可以归纳十条PCR引物的设计原则：①引物应用核酸系列保守区...
