口蹄疫病毒基因组密码子使用偏好性及其进化摘要：分析了FMDV基因编码起始区与终止区的密码子使用偏好性。实验主要选择了FMDV中最具代表性以及感染率最高的O型与A型进行密码子偏好性的分析以及进化方向的讨论。通过实验的数据可以得到初步的结论：在O血清型与A血清型的基因群落当中，并不存在固定同义密码子的使用模式。同时，即使这几个同义密码子属于同一种氨基酸，他们的使用频率也是不相同的，也从一方面说明了，基因组中存在着“优势密码子”和“稀有密码子”的现象。FMDV各血清型中的稀有密码子倾向出现于编码起始区，而终止区附近稀有密码子出现的倾向较弱。关于进化学方面的研究，本实验也采用了生物信息学软件SPSS，将FMDV基因组密码子参考序列的同源性进行了分析与对比，构建了A血清型的VP1基因的进化树，同时也可以通过对O型、A型绘制的进化谱图得到：目前已知的A型口蹄疫毒株与其它毒株序列差异较大。口蹄疫病毒的每种血清型都集中在一个家族中。通过本次研究对FMDV基因组密码子的分析，可以更加清晰的认识到FMDV的遗传多样性，在基因序列上相差也是比较大的。同时也从一方面证实了加强口蹄疫病理学的分析与调查，对FMDV的变异与进化进行实时的监测对于防控FMD起着非常重要的作用。关键词：口蹄疫病毒（FMDV）；密码子偏好性；密码子相对使用概率；方差分析；进化FOOT-AND-MOUTHDISEASEVIRUSGENOMECODONUSAGEPREFERENCEANDITSEVOLUTIONAbstract:ThecodonusagepreferenceoftheFMDVgenecodinginitiationregionandterminationregionwasanalyzed.TheexperimentmainlyselectedthemostrepresentativeoftheFMDVandthehighestinfectionrateofO-typeandA-typeforcodonpreferenceanalysisandthediscussionofevolutionarydirection.Theuseofallsynonymouscodonsinthegenepoolsofthesetwoserotypeswasfoundtovaryrandomly.Moreover,thefrequencyofuseofseveraldifferentsynonymouscodesbelongingtothesameaminoacidisdifferent,amongwhichthereare"dominantcodons"(RSCU>1)and"rarecodons"(RSCU<1).RarecodonsineachserotypeofFMDVtendtooccurinthecodinginitiationregion,whilethetendencyofrarecodonsneartheterminationregionisweak.Regardingtheresearchonchemicalchemistry,thebioinformaticssoftwareSPSSwasusedtocomparethehomologyofthereferencesequence,andthephylogenetictreeoftheVP1geneofAserotypewasconstructed,andtheevolutionaryspectrumofO-typeandA-typecanalsobedrawn.ThefigureshowsthatthesequenceofthecurrentlyknowntypeAfoot-and-mouthdiseasestraindiffersgreatlyfromotherstrains.Eachserotypeoffoot-and-mouthdiseasevirusisconcentratedinonefamily.ThroughtheanalysisoftheFMDVgenomecodonsinthisstudy,thegeneticdiversityofFMDVcanbemoreclearlyrecognized,andthedifferenceingenesequenceisalsorelativelylarge.Atthesametime,italsoconfirmedtheanalysisandinvestigationofthepathologyoffoot-and-mouthdisease.Thereal-timemonitoringofthevariationandevolutionofFMDVplaysanimportantroleinthepreventionandcontrolofFMD.Keywords：footandmouthdiseasevirus(FMDV)；codonpreference;relativesynonymouscodonusage;varianceanalysis;evolution目录第1章文献综述.............................................................................................................................11.1研究背景............................................................................................................................11.2口蹄疫病毒研究概况........................................................................................................11.2.1口蹄疫病毒的流行病学的概述.............................................................................11.2.2口蹄疫病毒基因组结构.........................................................................................21.2.3FMDVRNA二级结构....
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