[案例情况] 根据《省经济特区条例》第十四条的规定和《市人民政府关于经济特区企业税收政策若干问题的规定》（“深府[1988]232 号”）第六条的规定，特区企业从事生产、经营所得和其他所得，均按 15％的税率征收企业所得税。根据深府[1988]232 号文第八条的规定，对从事工业、农业、交通运输等生产性行业的特区企业，经营期在 10 年以上的，从开始获利的年度起，第一年和第二年免征所得税，第三年至第五年减半征收所得税。2001 年 3 月，市地方税务局第三检查分局根据上述规定，以《关于市海普瑞生物技术申请减免企业所得税的复函》（深地税三发[2001]79 号）同意公司从开始获利的年度起，第一年和第二年免征企业所得税，第三年至第五年减半征收企业所得税。2024 年 4 月，市地方税务局第三稽查局以《关于确认市海普瑞药业获利年度的函》（深地税三函[2024]225 号）确认公司第一个获利年度为 2000 年，同意公司自获利年度 2000 年起，享受“两免三减半”的企业所得税税收优惠政策。公司于 2001 年 12 月 31 日被市科学技术局认定为高新技术企业（证书编号：S2001095）。根据深府[1988]232 号文第八条的规定，属于基础工业和经市人民政府确认为先进技术企业的，第六年至第八年减半征收所得税。2024 年 4 月，市地方税务局第三稽查局以《关于市海普瑞药业延长 3 年减半征收企业所得税问题的复函》（深地税三函[2024]206 号），同意公司享受企业所得税“两免三减半”优惠政策期满后，从 2024 年度起，给予延长 3 年减半征收企业所得税的优惠。根据上述文件，公司 2000 年、2001 年免征企业所得税，2024 年起至2024 年减半按 7.5%税率征收企业所得税。公司 2000 年至 2024 年与子公司多普生生物技术 2024 年至 2024 年依据深府[1988]232 号文享受企业所得税优惠政策，但该优惠政策没有国家法律、行政法规或国务院的有关规定作为依据，公司存在因前述税收优惠被税务机关撤销而产生额外税项和费用的可能。公司控股股东乐仁科技和金田土科技已出具《承诺函》作出承诺：如今后公司或市多普生生物技术因前述税收优惠被税务机关撤销而产生额外税项和费用时，将与时、无条件、全额返还公司或市多普生生物技术补缴的税款以与因此所产生的所有相关费用。根据《中华人民国城市维护税暂行条例》（国发[1985]19 号）、《征收教育费附加的暂行规定》（国发[1986]50 号）、《财政部国家税务总局关于生产企业出口...
