分子标记及辅助育种技术分子标记的类型：第一类是以分子杂交为核心的分子标记技术，包括RFLP、DNA指纹技术等；第二类是以PCR为核心的分子标记技术，包括RAPD、简单序列重复标记SSR、序标位STS、序列特征化扩增区域SCAR等；第三类是一些新型的分子标记，如：SNP标记、表达序列标签EST标记等。分子标记的特点：（1）直接以DNA的形式表现，表现稳定（2）数量多（3）多态性高（4）表现为中性，不影响目标性状的表达；（5）许多标记表现为共显性的特点，能区别纯合体和杂合体。（6）成本不太高RFLP标记植物基因组DNA上的碱基替换、插入、缺失或重复等，造成某种限制性内切酶酶切位点的增加或丧失，从而产生限制性片断长度多态性。基基本本步步骤骤用DNA限制性内切酶消化Southern杂交放射性自显影或酶学检测DNA提取凝胶电泳分离，转移到滤膜上A无表型效应，不受环境条件和发育阶段的影响。B等位基因之间是共显性的，在配制杂交组合时不受杂交方式的影响。C在非等位的RFLP标记之间不存在上位效应，因而互不干扰DRFLP标记起源于基因组DNA的自身变异，在数量上几乎不受限制EDNA需要量大，检测技术繁杂，难以用于大规模的育种实践中。在植物分子标记辅助育种中需要将RFLP转换成以PCR为基础的标记。RFLP标记的特点RAPD标记RAPD引物扩增电泳检测结果S104GGAAGTCGCCS105AGTCGTCCCCS106ACGCATCGCAS107CTGCATCGTGS108GAAACACCCCS109TGTAGCTGGGS110CCTACGTCAGS111CTTCCGCAGTS112ACGCGCATGT（1）不需DNA探针，引物设计无须知道序列信息；（2）显性遗传（极少数共显性），不能鉴别杂合子和纯合子；（3）技术简便，不涉及分子杂交和放射性自显影等技术；（4）样品需要量少，引物价格便宜，成本较低；（5）实验重复性较差，结果可靠性较低。RAPD标记的主要特点：AFLP标记EcoRI/MseI酶切EcoRI接头ACPCR预扩增连接接头MseI接头ANNNNC选择性PCR聚丙烯凝胶电泳和硝酸银染色检测AFLP标记PAGE电泳结果（1）由于AFLP分析采用的限制性内切酶及选择性碱基种类、数目很多，所以该技术所产生的标记数目是无限多的；（2）每次反应产物的谱带在50-100条之间，所以一次分析可以同时检测到多个座位，且多态性极高；（3）表现共显性，呈典型孟德尔式遗传；（4）分辩率高，结果可靠；（5）目前该技术受专利保护。AFLP标记的主要特点：（简单重复序列）SSR标记（1）数量丰富，广泛分布于整个基因（2）具有较多的等位性变异；（3）共显性标记，可鉴别出杂合子和纯合子；（4）实验重复性好，结果可靠；（5）由于创建新的标记时需知道重复序列两端的序列信息，因此其开发有一定困难，费用也较高。SSR标记的主要特点：简单重复间序列（ISSR）标记SNP标记SNP密度高，分布广，平均约每1000对碱基出现一个SNP。两个无关个体间约有300万个SNPs。其它分子标记技术DAF(DNAamplificationfingerprinting，DNA扩增指纹)AP-PCR(arbitraryprimerPCR)SCAR(sequencecharacterizedamplifiedregion，序列特异性扩增区)STS(sequencetaggedsite，序列标签位点)、SSCP(singlestrandconfirmationpolymorphism，单链构象多态性)、CAPS(cleaveamplifiedpolymorphicsequence)。等。。。。。。。分子标记辅助选择的遗传学基础标记辅助选择的主要方面是对目标基因的选择，有人称之为前景选择（foregroundselection）。前景选择的可靠性主要取决于标记与目标基因间连锁的紧密程度。若只用一个标记对目标基因进行选择，则标记与目标基因间的连锁必须非常紧密，才能够达到较高的正确率。供体受体RRRrrr(1-r)222r(1-r)r22MRmrMRmr目标基因与DNA标记间的遗传距离位p亲本中DNA标记的带型F11杂种中DNA标记的带型在F22分离群体中分子标记类型即MM,Mm,mmMM类型的分子标记所代表的目标基因型及其频率利用MAS的遗传基础（以RFLP为例）M—抗性标记R—抗性基因m—感病标记r—感病基因选择的正确率随重组率的增加而迅速下降。重组值越小，其错选率越低。如果要求至少选到一株目标基因型的概率为P，则必须选择具有标记基因型MM的植株至少为：n＝log（1-P）/log（1-p）式中p＝（1－r）2对基因组中其他部分（即遗传背景）选择，称为背景选择（backgroundselections）。背...
