常见系统发育软件使用方法 Xie Lei BJFU 1 Paup MP 流程: Mac 准备nex 文件(interleav e 和noninterleav e 均可) → 存入新建文件夹→ 拖入pau p 或用pau p 打开→ ex ecu te → log file → cstatu s → tstatu s → hsearch → define ou tgrou p → roottrees → sav etrees → describetrees → contree(save to file) → save pict→ bootstrap(save tree file) → print bootstrap tree→ save pict. → stop log. PC 版操作，可将附录批处理文件内容粘贴至nex 文件后面，ex ecu te 即可。 2 Paup ML 流程：Mac 准备nex 文件(interleav e 和noninterleav e 均可) → 存入新建文件夹→ 拖入pau p 或用pau p 打开→ execute→ 从 modeltest 软件中打开pau pblock 运算检测模型→ 生成score file→ 打开modeltest 中的 bin 读取 score 数据→ 生成结果文档→ 存档并打开此文档→ AIC→ 将begin pau p 的运算模块贴至原 nex 数据文件后面→ 重新将其拖入pau p 运行→ 选择 ML 运算模式→ hsearch→ 打印树图→ save pict. → bootstrap. PC 版操作，可将附录5 批处理文件内容粘贴至nex 文件后面，ex ecu te 即可。 3 Garli 运算 ML 流程： 准备nex文件(interleave) → 存入新建文件夹→ 拖入pau p 或用pau p 打开→ execute→输出 noninterleav e文档（若直接是noninterleav e 上述过程省略，又如果是 PC 机 pau p，无菜单操作，可在 pau p 命令行中输入附录1*的命令回车即可生成 noninterleav e 数据）。 使用noninterleav e 文档（数据中类群名称不得有单引号，空格，所有方括号中内容删除）→ 新建文件夹存入→ 按照流程2 进行 modeltest→ 在苹果机上打开Garli→导入数据→ 把model 定好→ run(切记此处不要激bootstrap 选项) 将上次运算数据拷贝至一新建文件夹→ 导入苹果版Garli→ 激活bootstrap 选项→定好model→ run 所有结果用pau p 软件打开→ save pict→ 打开bootstrap 树→ 做50% majority ru le contree→ save pict. 注：Garli苹果和PC版都有，但是操作不同。 数据格式：和算PAUP一样的nex u s格式，但是这个格式有很多注意事项，一些常见的小错误会造成软件无法运行。参见下列常见问题： 1 一定要noninterleav e的数...
VIP
