口蹄疫病毒基因组密码子使用偏好性及其进化 摘 要：分析了 FMDV 基因编码起始区与终止区的密码子使用偏好性。 实验主要选择了 FMDV 中最具代表性以及感染率最高的 O 型与 A 型进行密码子偏好性的分析以及进化方向的讨论。通过实验的数据可以得到初步的结论：在 O 血清型与 A 血清型的基因群落当中，并不存在固定同义密码子的使用模式。同时，即使这几个同义密码子属于同一种氨基酸，他们的使用频率也是不相同的 ，“”“”也从一方面说明了，基因组中存在着 优势密码子 和 稀有密码子 的现象。FMDV 各血清型中的稀有密码子倾向出现于编码起始区，而终止区附近稀有密码子出现的倾向较弱。 关于进化学方面的研究，本实验也采用了生物信息学软件 SPSS，将 FMDV 基因组密码子参考序列的同源性进行了分析与对比，构建了 A 血清型的 VP1 基因的进化树，同时也可以通过对 O 型、A 型绘制的进化谱图得到：目前已知的 A 型口蹄疫毒株与其它毒株序列差异较大。口蹄疫病毒的每种血清型都集中在一个家族中。通过本次研究对 FMDV 基因组密码子的分析，可以更加清晰的认识到 FMDV 的遗传多样性，在基因序列上相差也是比较大的。同时也从一方面证实了加强口蹄疫病理学的分析与调查，对 FMDV 的变异与进化进行实时的监测对于防控 FMD 起着非常重要的作用。 关键词：口蹄疫病毒（FMDV）；密码子偏好性；密码子相对使用概率；方差分析；进化FOOT-AND-MOUTH DISEASE VIRUS GENOME CODON USAGE PREFERENCE AND ITS EVOLUTION Abstract: The codon usage preference of the FMDV gene coding initiation region and termination region was analyzed. The experiment mainly selected the most representative of the FMDV and the highest infection rate of O-type and A-type for codon preference analysis and the discussion of evolutionary direction. The use of all synonymous codons in the gene pools of these two serotypes was found to vary randomly. Moreover, the frequency of use of several different synonymous codes belonging to the same amino acid is different, among which there are "dominant codons" (RSCU>1) and "rare codons" (RSCU<1). Rare codons in each serotype...
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